La llamada a un celular del artesano el 2 de agosto, el buzo negro con ADN del artesano que usó un mapuche y la incompatibilidad en las muestras genéticas que se obtuvieron en vehículos de esa fuerza de seguridad, son datos clave en la investigación.
El pasado 2 de agosto, durante 23 segundos, un celular de Santiago Maldonado adquirido en Chile recibió una llamada realizada desde la Argentina. Luego, 13 días más tarde, acorde a una pericia que está en la causa federal, una persona aún no identificada usó en el Lof mapuche un buzo negro que tenía ADN del artesano desaparecido. A esto hay que sumarle la incompatibilidad de los resultados genéticos que se estudiaron con materiales obtenidos en vehículos de Gendarmería, lo que al principio suponía un posible traslado «a la fuerza» del artesano.
Sin embargo, con estos indicios, tanto la justicia y el gobierno sostienen que el hombre de 28 años no fue secuestrado por los gendarmes que desalojaron la ruta 40 aquel 1° de agosto en Cushamen. Mientras tanto, la oposición política, la familia del desaparecido y ciertos organismos de DD.HH. vinculados al kirchnerismo continúan acusando una «desaparición forzada».
Desde un principio la comunidad mapuche jura que Maldonado participó de la manifestación y que fue reducido y cargado hasta una camioneta perteneciente a la Gendarmería, teoría por el momento subjetiva y que carece de pruebas.